1716年，諸羅縣笨港公館於笨港街建立，1734年因為於北港溪邊的公館地勢危險，於是遷移至板頭厝，相傳長天宮原為笨港縣丞署的所在。

1959年，八七水災長天宮後方的堤防破裂，北港溪水直沖廟宇、屋舍，神像大多流失，僅正殿上的媽祖仍安然坐在那裡，因此倍受村人敬仰。

正殿門楣上，懸掛著書有清末曇花一現的「祺祥」年號「長天宮」橫扁。